Ezio, son till ett florentinskt adelspar, söker återupprätta sitt familjenamn, som har smutskastats av Italiens mäktiga och korrumperade familjer. Efter att ha upptäckt en del av en uråldrig kodex uppfylls hans önskan och han ger sig ut på ett episkt uppdrag för att återupprätta lönnmördarorden. De kommande åren skaffar han sig både vänner och fiender bland Italiens mest berömda personer under renässansen, och upptäcker att tempelorden inte förintades som historien vill få oss att tro. Deras planer för världsherravälde fortsätter. Han måste bemästra alla lönnmördarens färdigheter för att förhindra dem från att släcka kunskapens ljus. Om han misslyckas kommer hela världen att återgå till den mörka medeltiden.